第二季中，达·芬奇继续在佛罗伦萨的阴谋漩涡中挣扎。他发现了美第奇家族与罗马教廷之间的秘密交易，而自己制造的飞行器被用于战争，令他陷入道德困境。与此同时，他协助失忆的卢克雷齐娅找回记忆，却意外揭开了古代神器“叶之书”的真相——它记录的不仅是科学知识，更是改变世界格局的力量。梵蒂冈的特工与奥斯曼帝国的间谍同时盯上了他，达·芬奇必须在艺术、科学与信仰的夹缝中，用自己的智慧周旋于各方势力之间，最终揭开一个威胁整个欧洲的惊天秘密。